Il était une fois...

Introduction :
Une explosion nucléaire à Los Alamos, New Mexico a projeté un artefact dans le ciel qui a atterri dans une vallée désertique inconnue. De son hôtel à Calcutta, Larson transmet un message à Lara Croft au moyen d'une liaison informatique par ordinateur portable, directement à partir du bureau de Natla. Lara est chargée de trouver un artefact nommé le Scion, supposé contenir des " pouvoirs inconnus " de l'Atlantide. La première mission de Lara est de se rendre au Pérou, dans la ville de Qualopec, une ancienne cité Inca et d'y trouver le premier élément du Scion.

Premier niveau :
Accompagnée d'un guide, Lara trouve l'entrée de la cité perdue. Alors qu'elle s'apprête à ouvrir les immenses portes, son guide est attaqué par plusieurs loups. Après avoir tué les loups et découvert le corps sans vie de son guide, elle entre dans la cité alors que les portes se referment soudain derrière elle.

Première scène cinématique (après le niveau Tombe de Qualopec) :
Larson informe Lara que Natla a envoyé Pierre à la recherche des deux éléments du Scion, lui dévoilant l'endroit, St. Francis' Folly. Larson essaie ensuite de nuire à Lara mais elle s'en tire. Lara se rend au siège social de Natla, s'introduit et recherche les informations qui lui permettront de trouver le morceau suivant du Scion.

Seconde scène cinématique (après le niveau Tombe de Tihocan) :
Lara déchiffre un hiéroglyphe égyptien sur le mur et la partie supérieure d'une tombe. En assemblant les deux morceaux du Scion, elle est soudain projetée dans un rêve concernant l'Atlantide, dans une scène de rites anciens. Le rêve lui montre l'endroit où se trouve le dernier morceau... dans les ruines de l'Egypte ancienne. Elle enfourche une moto et se dirige à grande vitesse à la recherche du dernier morceau.
Troisième scène cinématique (après le niveau Sanctuaire du Scion) :

Les compagnons de Natla profitent que Lara soit éblouie par le soleil en sortant de la cave pour s'approcher discrètement d'elle. L'un d'eux, le Cowboy, s'empare du pistolet de Lara et des 3 morceaux qui compose le Scion. Le Cowboy montre le Scion à Natla qui leur ordonne alors de tuer Lara. Lara s'échappe en sautant dans la rivière. Natla et ses compagnons partis, Lara enfourche sa moto et se lance à leur poursuite. Elle arrive sur une jetée, découvrant que le groupe s'est embarqué sur un yacht et s'apprête à partir. Elle accélère alors en direction de la côte et se jette dans l'eau, nage en direction du yacht. En évitant les gardes du corps de Natla, elle parvient à s'introduire sur le bateau. Elle découvre une cachette et s'endort. Lorsqu'elle se réveille, le yacht a jeté l'ancre près d'une île.

Mines de Natla :
La scène commence avec Natla, posant le Scion sur une table ancienne, suspendu par un champ magnétique. Alors démarre un compte à rebours. La montagne s'effondre, dévoilant la pyramide de l'Atlantide.

La Grande Pyramide :
Lorsque Lara s'approche de la table où Natla a posé le Scion, elle sombre dans un nouveau rêve, des rites de l'Atlantide dans lesquels Natla est accusée d'avoir volé le Scion pour son pouvoir personnel. A son réveil, Lara et Natla s'affrontent à propos du Scion. A la fin du compte à rebours, Lara sort ses pistolets au moment où Natla la pousse vers le bord. Lara réussit à s'agripper tandis que Natla tombe et meurt. Soudain, le haut du mur se met à bouger.

Fin :
Lorsque Lara s'échappe de la pyramide, l'Atlantide explose. L'histoire se finit alors que notre héroïne regagne à la nage le yacht et s'en va.