L'aventure commence alors que Lara est au fin fond de la jungle indienne, à la recherche de la statuette Infada. Elle découvre bientôt un campement avec un individu qui ne semble pas avoir toute sa tête et qui lui conseille de ne pas rester là. Notre aventurière décide de poursuivre son chemin jusqu'au temple de la déesse Shiva où devrait se trouver l'artefact convoité. C'est alors qu'elle y découvre les cadavres mutilés des collègues de l'homme rencontré. Et bien sûr, la statuette n'est plus à sa place. Lara, furieuse, se lance alors à la poursuite de cet homme qui a dérobé la statuette sous son nez. Elle emprunte un de leur quad et le retrouve bientôt sur un radeau, descendant le Gange puis le voit entrer dans les cavernes de Kaliya. Sortant de ce labyrinthe, Lara se retrouve face à l'homme en possession de grands pouvoirs qu'il ne semble pas maitriser et qui ont raison de lui. Lara n'a alors plus qu'à récupérer la statuette. En sortant de là, elle voit un homme sur un bateau qui l'interpelle. Il s'agit du professeur Willard, dirigeant la société RX-TECH, et qui avait envoyé ses hommes chercher la statuette. Il explique alors à Lara qu'une météorite s'est écrasée sur terre il y a bien longtemps et que le peuple indonésien a sculpté 4 artefacts dans cette roche extra-terrestre. Il souhaite retrouver les 3 autres pour des expériences médicales et génétiques, et demande à Lara de l'aider.

L'un d'entre-eux serait en cours d'expertise aux Etats-Unis, dans le Névada, sous le nom d'objet 115. Lara part donc pour le Névada, en 4x4 mais est bientôt prise pour une espionne, arrêtée et jetée dans une prison haute-sécurité. Parvenant à s'échapper, elle se cache dans un camion en partance pour la zone 51. Une fois dans ce lieu terriblement bien gardé, Lara retrouvera l'objet 115 caché dans un OVNI.

"L'oeil d'Isis", serait à Londres, aux mains d'une folle : Miss Legg. En effet, celle-ci est le PDG d'une ligne de cosmétiques et fait quelques expériences sur de pauvres gens qui une fois défigurés, sont condamnés à se cacher dans les souterrains du métro. Lara se lie d'amitié avec leur chef qui la fera entrer chez Miss Legg en échange qu'elle lui rapporte un fluide d'embaumement. Miss Legg souhaite engager Lara comme mannequin pour sa ligne de cosmétiques et bien loin d'accepter, Lara aimerait lui dérober son sceptre contenant l'oeil d'Isis ! Une poursuite sur des buildings et quelques décharges électriques eurent raison de la folle et Lara pu s'emparer du précieux artefact.

Les 3 artefacts en poche, Lara s'envole en hélicoptère pour le pôle sud afin de rejoindre le professeur Willard. Malheureusement celui-ci s'écrase et Lara, perdue sur la banquise, découvre bientôt la cabane de Willard. Ce dernier lui dérobe les pierres et court se cacher dans une mine infestée de mutants. En fait il s'agit de chercheurs qui au contact de la météorite, se sont vus pousser une queue larvaire à la place des jambes. Lara retrouve Willard qui a déposé les artefacts autour de la météorite et qui lui permettent de se transformer en une abominable et géante araignée. Notre héroïne aura bien du mal à en venir à bout mais parviendra à récupérer les 4 reliques et à s'enfuir en hélicoptère.

La suite logique de la précédente aventure, toujours pour ceux qui achèteront la version longue du jeu. 5 niveaux où Lara devra retrouver le dernier artefact quelquepart entre l'Ecosse et le nord de la France.

En récompense d'avoir collecté les 59 secrets, vous pourrez parcourir le très beau niveau de l'église Hallows.

L'Inde :
1 - la jungle
2 - le temple de Shiva
3 - le Gange
4 - les caves de Kaliya

Le Névada :
5 - désert
6 - quartier de haute sécurité
7 - la zone 51

Londres :
8 - les quais de la Tamise
9 - Aldwych
10 - le portail du Lude
11 - la ville

Le Pacifique :
12 - le village côtier
13 - le lieu du crash
14 - la gorge de Madubu
15 - le temple de Puna

L'Antarctique :
16 - antarctique
17 - les mines de RX-TECH
18 - la cité perdue de Tinos
19 - la caverne du météore